我國事業單位現行的薪酬管理體制是隨著社會主義經濟制度的確立而建立起來的。事業單位的薪酬類型從職務等級工資型、結構工資型到針對工作性質和特點的不同類型的工資型再到崗位績效工資型，在不同的歷史時期發揮過不同程度的積極作用。但隨著我國經濟的發展，事業單位先行的薪酬管理制度在推行過程中，由于執行細則和標準沒有出臺，各個事業單位的理解不一致，導致事業單位的薪酬管理仍然存在一些不足和缺陷。
（一）缺乏分配自主權，導致競爭力下降
現行大部分事業單位的工資增長與調整，由國家或者當地政府根據社會發展情況、財政狀況統一進行，由政府人事部門核準。這種高度集中統一的工資分配模式，使事業單位自身的工資水平，工資總量與個人技能、能力和績效表現相對脫節，缺乏激勵機制，沒有利益動力，單位躺在國家懷抱吃財政的“大鍋飯”，職工躺在單位懷抱端“鐵飯碗”，干好干壞、干多干少、干或不干都一樣，難以調動單位和職工雙方面的積極性。另外，作為獨立的法人機構和利益主體，事業單位應具有相應的經營自主權，同時在利益分配上也應享有充分的分配自主權，而現實情況恰恰相反，政府部門過渡干預事業單位經營管理，使事業單位沒有充分享有分配自主權，職工的積極性將下降，更難以適應激烈的市場競爭環境。
（二）績效考核流于形式，形成新一輪“大鍋飯”
事業單位的薪酬結構大致分為基本工資、津貼補助項目和獎金部分，其中基本工資及津貼補助項目執行的是國家、地方統一規定的標準，相對比較穩定，屬于保障因子；獎金項目與職工的績效表現掛鉤，具有一定的靈活性，應按績效考核結果來計發。但在實際操作中，大多數事業單位都沒有完整的考核制度，雖然也進行了不同程度的考核，包括月度考核、季度考核和年度考核，但是并沒有起到獎勤罰懶的作用，很多考核的內容沒有量化，主要體現在以下四個方面：第一，考核內容基本上由“德、能、勤、績、廉”涵蓋，非?；\統，缺乏具體的考核要素，不能真實準確地反映單位人員的實際工作績效；第二，單位人員考核的標準沒有和單位目標、使命很好的結合起來，沒有體現單位的組織文化，缺乏制定績效標準的工作分析和工作說明書，指標沒有得到職工認同和支持，指標過于剛性，缺乏創新；第三，沒有建立績效評估系統，常見的做法是每到考核期末，人力資源部門發放考核表格，但由于日常缺乏績效管理環節，沒有科學的評估體系，導致考核人根據個人的主觀印象對被考核部門或者被考核人進行評分，而考核人為了不得罪被考核部門或者被考核人，打分基本雷同，沒有體現出績效考核的嚴肅性。第四，目前事業單位人員績效考核一般分為四個等級，即“優秀”、“稱職”、“基本稱職”、“不稱職”。多年的考核結果表明，能評為優秀的人員鳳毛麟角，大家都集中在稱職上和基本稱職上，基本沒有人不稱職，不能有效地體現工作人員的績效差別。這種考核的現狀使得考核工作流于形式，將靈活的獎金當成每月必發的工資，體現不出“績效優先”的原則，失去了激勵的意義，從而形成了新一輪的平均主義。
（三）職工薪酬收入與市場價格脫節，難以形成人才流動的“洼地”
與企業相比，事業單位由于其本身職能特點所限，尚處于一個相對封閉的環境，長期沿用國家統一的工資標準，工資水平的確立也脫離了市場價位，缺乏競爭力，其中最具競爭力的核心職位、關鍵職位上的優秀人才的薪酬水平更遠遠低于市場價位，因此，現工資標準已不能有效地體現各類人才的市場價格。如相同性質的人員進入不同的工作單位的薪酬比較，進入事業單位從事研究工作的與進入外企從事研發工作的薪酬收入之比相差十幾倍甚至更多。而在同一單位中，進入簡單勞動崗位的人力資源，其工資又高于市場價位。這樣一來，“劣幣驅除良幣”，單位想淘汰的人淘汰不出去，想留的人才留不住，想引進高級人才更加困難，嚴重影響了事業單位的發展。
（四）分配模式單一，缺乏激勵性
隨著知識經濟時代的到來，薪酬已經不是單一的工資，也不是純粹的經濟性報酬。目前我國事業單位的薪酬體系的現狀是外部激勵措施尚不健全、內在激勵因素更無從談起，對職工的長效激勵后勁不足，沒有建立起利益共享機制，很難使職工為單位的長期利益著想；資本要素、勞動力要素、技術要素參與分配使用的較少或力度不夠，因此往往達不到職工的期望值，致使士氣下降，單位急需的骨干人才流失。另外，事業單位加薪模式通常為每兩年自然晉升一級工資和調整工資標準兩種，形式過于單調，覆蓋面比較寬，各類人員的增資額檔次沒有拉開，以資歷定薪酬的傳統思維模式無法根除，激勵職能不能正常發揮。事業單位職工如想加薪只有兩種途徑，一種是職務提升，而另一種是取得高一級專業技術職稱，這就使得事業單位職工過于熱衷于職務、職稱的晉升，從而不利于優化職工結構，打造復合型人才。
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