盡管股權激勵在減少代理成本、激勵員工追求企業價值最大化、推動所有者與經營者利益一致性方面發揮了巨大的作用，但在實施過程中，出現了不少困難，使得現行股權激勵無論在激勵效果還是激勵約束上均大打折扣。
1.市場場層面
第一，市場對股權激勵效果的影響
中國的資本市場不像國外那樣成熟，公司業績往往不能由公司的市場表現來體現，甚至市場會出現背離的趨勢。一且股市低迷就容易出現長期低迷，而一旦走強就一發不可收拾；我國的投資者也缺少成熟市場投資者的理智，容易一擁而上，使得股市的波動非常大。這樣，股票的價格就不可能客觀地反映出公司經營者的經營業績，從而股票期權激勵設計的客觀標準也是不確定的。這使得公司在實施股權激勵時存在一定的系統性風險。實踐中由于市場低迷，出現了不少上市公司中止或撤銷激勵計劃的案例，也有不少因偶發性股票上漲，導致高管非自身努力而獲利的案例。
第二，激勵計劃推出時機的控制
《上市公司股權激勵管理辦法》規定，行權價格不應低于下列價格較高者：(1)股權激勵計劃草案摘要公布前一個交易日的公司標的股票收盤價；(2)股股權激勵計計劃草案摘要公布前30個交易日內的公司標的股票平均收盤價。從實踐看，管理層往往對股權激勵方案的推出時機進行刻意安排，即有意選擇股價低迷期推出。如數據顯顯不示，2008年、2011年及2013年，市場走勢低述時期，分別有68家、146家和188家公司推出了股權激勵方案，遠遠高于2006年、2007年及2009年市場相對高點時推出的限權激勵方案數量。
2.公司內部治理問題
作為一種長效的激勵機制，股權激勵必須在完善的治理結構下才能發揮應有的作用。盡管我國上市公司已經形成了由股東大會、董事會、決策管理機構和監事會組成的內部治理結構，但在實際運作中，我國上市公司普遍存在“一股獨大”、股東大會職能弱化、內部人控制現象嚴重等問題導致現行高管薪體系和在設計股權激勵方案時往往站在少部分人利益上，甚至在制訂激勵計劃時損害股東利益，這主要體現在：
第一，股權激勵行權價格的制定
從實踐看，絕大多數公司傾向于在政策允許的范圍內以最低價授子如以期權為激勵工具的方案，絕大多數推行股權激勵的公司均取政策的底線作為行權價格。以限制性股票為激勵工具的，政策規定授予價格不得低于股權激勵草案公告前20個交易日公司股票均價的509%；實際執行中80%的公司都是踩著政策的底線，即將股價的50%作為行權價格。導致股權激勵在推出之際，相關期權工具便已嚴重失效，也即管理層不用付出任何努力，便可輕松獲取巨額激勵。從激勵的角度來看，行權價格過低，起不到約束作用，違背了股權激勵方案制定的初衷。
第二，股權激勵行權條件的制定
《關于規范國有控股上市公司實施股權激勵制度有關問題的通知)規定，業績考核指標應包含反映股東回報和公司價值創造等綜合性指標標，如凈資產收益率、經濟增加值(EVA)、每股收益等；反映公司贏利能力及市場價值等成長性指標，如凈利潤增長率、主營業務收入增長率、公司總市值增長率等；反映企業收益質量的指標，如主營業務利潤占利潤總額比重、現金營運指數等。上述三類業績考核指標原則上至少各選一個。股權激勵有關事項備忘錄3號規定：公司設定的行權指標須考慮公司的業績情況，原則上實行股權激勵后的業績指標不低于歷史水平。
從目前實踐看，我國上上市公司股權激勵方案當中行權條件單一。行權指標多以凈利潤(增長率)與凈資產收益率這兩個指標為主，分別占比80%和75%，而EVA.，非財務指標等幾平在激勵方案中沒有應用。而在成熟的資本市場，激勵對象只有在在業績和市值指標同時達標時，才能獲得相應的激勵。
第三，股權激勵行權時間的制定
目前上市公司的激勵方案中，很多股權授予數量基本達到上市公司股權激勵政策要求的投予數量的上限，導致股權激勵帶有一次性的特點。此外，相關政策規定激勵期限的上限是10年，實踐中，只有有限的幾家選擇10年為激勵期限，絕大多數與政策要求的最低水平持平。如所有公司股權激勵方案的平均有效期限僅4.72年，除去兩年的行權等待期，實際行權后的約束期不到3年，缺乏長期激勵效應。
3.會計層面
股權激勵的會計處理問題一直是困擾股權激勵實務的重要難點之一。持別是就股權激勵是否費用化，以及費用化過程中如何確定相關權益工具的公允價值等問題，在執行層面存在較大的爭議。從現階段看，由會計處理問題引發的股權激勵問題主要體現在：
第一，股權激勵費用沖減公司利潤的問題
現行會計準則規定，對以權益結算的股份支付，企業以員工股票期權在授予日的公允價值及預計可行權數量為基礎記錄等待期內各期員工服務。即股權激勵計入薪費用，沖減公司利潤。實踐中，相當一部分公司確認的股權激勵費用非常高，占公司凈利潤相當大的比重，部分公司股權激勵無法行權的原原因正是激勵費用過高導致無法滿足業績行權條件。如瀘州老窖計入股權激勵費用的總額為3.4億元，占2009年凈利潤總額的比重超過20%。海南海藥則由于確認了高額的股權激勵費用導致當年凈利潤巨額虧損。廣州國光，其宣布停止實施股權激勵的原因正是高額的股權激勵費用導致當年凈利潤大幅下降，無法滿足行權條件。
第二，管理層利潤操縱的問題
股份支付會計是最復雜的會計處理準則之一，我國會計準則要求按授予日股票期權的公允價值計算股權激勵的人賬費用。在目前市場尚未推出個股期權的條件下，相關期權價值沒有現存活躍的市場價格可供參為，因此，只能按照估值技術進行計量。但按照估值技術確認期權價值會導致相關價格計算不可保證。
此外，行權等待期長短的確定、授予日的確定等，都直接影響激勵費用確認的金額，而這些都是目前會計準則尚未明確規定的，所有這些均為管理層操縱利潤提供了巨大的空間。
4.稅收層面
目前，我國股權激勵稅收政策主要在個人所得說和企業所得稅方面對激勵效果產生影響。
第一，個人所得稅納稅問題
現行個人所得稅法規定股權激勵的納稅時點為行權日，但是，實踐中，激勵對象很難在行權日做到將持有的期權馬上減持，導致激勵收益和稅基沒有匹配，借錢行權已經成為了一種比較普遍的現象。如此會削弱高管及其他激勵對象的積極性，迫使他們立即拋售股票來繳稅，造成高管的機會主義行為，不利于鼓勵長期持股，影響股權激勵的長期效果。
第二，企業所得稅納稅問題
2012年《關于我國居民企業實行股權激勵計劃有關企業所得稅處理問題的公告》(國家稅務總局公告2012年第18號)公布后，明確股權激后費用可以稅前扣除。
但在納稅時點上，18號文規定，對股權激勵計劃實行后，需待定服務年限或者達到規定業績條件方可行權的，上市公司等待期內會計上計算確認的相關成本費用，不得在對應年度計算繳納企業所得稅日時扣除。如此一來，導致稅前抵扣集中發生在行權年度，也不符合費用的配比原則。
服權激勵有諸多優點，也有各方面可能存在的難點，因此公司應結合自身所處的行業、發展的階段、所處地區的市場完善程度、激勵對象的特點等制定適合的股權激勵方案。
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